系统进化分析-phylip
实习四系统进化分析-phylip
一、实习目的
1.掌握利用mp、ml、nj/upgma和fm法构建进化树。
2.学会使用bootstrap检验进化树的可靠性。
二、实习内容
1.查找同源蛋白质或核酸序列
2.利用clustalx做前期准备工作
3.利用mp、ml、nj/upgma和fm构建进化树。
三、作业
任意选取五个以上的物种的同源核酸或蛋白质序列,分别采用最大简约法,最大似然法和距离法构建进化树,给出简洁的步骤和必要的图示,并分析这三种方法的差别。答:步骤如下:
一、查找同源protein序列
在entrez搜索glutathioneperoxidase(谷光氨肽过氧化氢酶)homosapiens、pantroglodytes、canisfamiliaris、bostaurus、musmusculus、rattusnorvegicus、gallusgallus和daniorerio同源蛋白质序列,输出同源序列。
二、构建系统进化树
(一)前期准备工作
1.用clustalx进行多条序列比对,在outputformatoption选定phy格式,构建进化树需要phy文件。
图1
2.打开seqboot软件,选择刚才生成的phy文件。
图2
3.设置参数,如图3,在执行程序得到outfile文件,将文件名改成seqb。
图3
(一)最大简约法建树(maximumparsimony)
1.打开protpars,将刚才生成的seqb文件名输入,按enter,改m选项为分析multipledatasets,其它参数不变,再根据提示设置数据个数为100,随机数种子为5,设置numberoftimestojumble为2,再按enter,得到的界面如下
1
图4。
图4参数设置
2.运行将生成两个文件outfile和outtree,将outfile更名为mpfile,将outtree更名为mptree。用写字板打开mpfile,如下图5;用mega5.05打开mptree后,得到下图6,可以看到这两个文件都含有100个进化树。图5、6是其中任一一个。
danioreriogallusgallcanisfamilbostauruspantroglodhomosapienrattusnorvmusmusculu
图5oneofmpfile图6oneofmptree
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(请认真阅读下面的提示信息)