系统进化分析-phylip

实习四系统进化分析－phylip

一、实习目的

1.掌握利用mp、ml、nj/upgma和fm法构建进化树。

2.学会使用bootstrap检验进化树的可靠性。

二、实习内容

1.查找同源蛋白质或核酸序列

2.利用clustalx做前期准备工作

3.利用mp、ml、nj/upgma和fm构建进化树。

三、作业

任意选取五个以上的物种的同源核酸或蛋白质序列，分别采用最大简约法，最大似然法和距离法构建进化树，给出简洁的步骤和必要的图示，并分析这三种方法的差别。答：步骤如下：

一、查找同源protein序列

在entrez搜索glutathioneperoxidase（谷光氨肽过氧化氢酶）homosapiens、pantroglodytes、canisfamiliaris、bostaurus、musmusculus、rattusnorvegicus、gallusgallus和daniorerio同源蛋白质序列，输出同源序列。

二、构建系统进化树

（一）前期准备工作

1.用clustalx进行多条序列比对，在outputformatoption选定phy格式，构建进化树需要phy文件。

图1

2.打开seqboot软件，选择刚才生成的phy文件。

图2

3.设置参数，如图3，在执行程序得到outfile文件，将文件名改成seqb。

图3

（一）最大简约法建树（maximumparsimony）

1.打开protpars，将刚才生成的seqb文件名输入，按enter，改m选项为分析multipledatasets，其它参数不变，再根据提示设置数据个数为100，随机数种子为5，设置numberoftimestojumble为2，再按enter，得到的界面如下

1

图4。

图4参数设置

2.运行将生成两个文件outfile和outtree，将outfile更名为mpfile，将outtree更名为mptree。用写字板打开mpfile，如下图5；用mega5.05打开mptree后，得到下图6，可以看到这两个文件都含有100个进化树。图5、6是其中任一一个。

danioreriogallusgallcanisfamilbostauruspantroglodhomosapienrattusnorvmusmusculu

图5oneofmpfile图6oneofmptree